在深夜的图书馆里，松田翔一遇见了芹泽由纪叶。这个安静的女孩总在固定位置阅读，直到某天她突然消失。翔一开始追寻她的踪迹，却发现自己被卷入了无法理解的危险之中。芹泽遭遇袭击的噩梦不断重现，而图书馆深处隐藏的秘密正逐渐浮出水面。
噩梦的开端
芹泽由纪叶最近总是做同样的噩梦。在梦中，她被拖入图书馆的地下书库，四周弥漫着陈旧纸张和灰尘的气味。每次惊醒时，手腕上都会出现莫名的淤青。她开始害怕夜晚，更害怕那个她曾经最爱的图书馆。
翔一注意到芹泽的异常。她阅读时手指会微微颤抖，听到脚步声会突然抬头。某个雨夜，翔一看见她慌张地跑出图书馆，身后似乎有人影闪过。从那天起，翔一决定暗中保护这个沉默的女孩。
图书馆的阴影
这座百年图书馆有着复杂的结构。地上三层是阅览区，地下两层存放着战前文献。芹泽常去的区域靠近地下通道入口，那里灯光昏暗，监控摄像头时常失灵。管理员说最近总听到奇怪的声音。
翔一查阅图书馆历史时发现异常。三十年前曾有女学生在这里失踪，案件至今未破。更诡异的是，失踪女孩的照片与芹泽有七分相似。他开始怀疑，芹泽的噩梦或许不是幻觉。
逐渐靠近的真相
芹泽终于向翔一坦白。三个月前，她在整理旧报纸时发现一封夹在书中的信。信上写着某个书架编号和时间。出于好奇，她按时前往，却在那里遭遇袭击。袭击者始终蒙着脸，但身上有特殊的消毒水气味。
翔一想起图书馆的清洁工佐藤。这个沉默寡言的男人总在深夜工作，他的工具间里确实有浓重的消毒水味。更可疑的是，佐藤的排班表与芹泽遭遇袭击的日期完全吻合。
危险的游戏
翔一决定设局。他让芹泽故意在深夜出现在地下书库，自己则躲在暗处观察。午夜钟声响起时，脚步声如期而至。但出现的不是佐藤，而是图书管理员中村。这个平时和蔼的老人此刻眼神冰冷。
中村逼近芹泽时，翔一冲了出来。搏斗中，中村摔倒在地，手中的钥匙串散落开来。其中一把钥匙上刻着三十年前的日期。原来中村一直在寻找当年失踪案的证据，而芹泽无意中发现了关键线索。
未完的谜团
事件暂时平息，但疑云未散。中村被警方带走时，一直重复着“保护藏书”的呓语。翔一在整理中留下的资料时，发现了一张泛黄的照片。照片上是年轻时的中村和另一个女孩，女孩手中拿着芹泽最近在读的那本书。
芹泽的噩梦仍未停止。她开始回忆起更多细节：袭击者似乎不止一人，地下书库里还有隐藏的房间。图书馆的钟声在午夜响起时，翔一握紧了芹泽的手。他们知道，这个夜晚的故事才刚刚开始。
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